蛛网膜囊肿的危害主要包括影响脑组织细胞发育、可能引起癫痫等神经功能障碍及颅骨变形等，蛛网膜囊肿体积不大时往往不引起神经损伤症状，无什么危害发生。但随着蛛网膜囊肿的逐渐增大，可能会伴有危害发生：
第一，增大的蛛网膜囊肿会逐渐压迫脑组织，影响脑组织的局部发育。
第二，脑组织受蛛网膜囊肿的严重压迫，可能会引起肢体麻木、偏瘫、癫痫等神经功能障碍发生。
第三，蛛网膜囊肿除了向内压迫脑组织以外，尚可以向外压迫颅骨，使颅骨受压处变薄变形并向外膨出，影响到局部的容貌。