附睾炎患者应根据疾病类型对症用药，临床上主要分为慢性附睾炎和急性附睾炎。
如果为慢性附睾炎，单纯应用药物治疗效果并不理想，除了应用抗生素以外，还应配合离子透入或热敷疗法，针对反复发作的患者，必要时可考虑进行手术切除治疗。如果为急性附睾炎，应使用敏感的大环内酯类、喹诺酮类或头孢类抗生素予以治疗，比如阿奇霉素、罗红霉素、左氧氟沙星等。
在治疗期间患者应多注意休息，可使用阴茎托将阴囊托起，利于缓解症状，如果疼痛较为严重，可服用止痛药物。