甲硝唑可以用来治疗阴道炎，但甲硝唑并不只是只能用来治疗阴道炎，也不能治疗所有类型的阴道炎。
甲硝唑的主要药效为预防及治疗厌氧菌导致的系统及局部感染，包括女性生殖道、消化道、骨和关节、下呼吸道、皮肤等部位，对脑膜感染、心内膜炎及败血症也有一定疗效，还可以用来治疗破伤风以及口腔的厌氧菌感染。
在治疗阴道炎方面，甲硝唑主要可以用来治疗细菌性阴道炎以及滴虫性阴道炎，可以通过口服甲硝唑进行全身用药，也可以通过阴道内放置甲硝唑栓剂进行局部给药。