肛门有脓液流出，首先就是考虑有肛门周围脓肿发生了溃破或者是有肛瘘的存在。肛门周围脓肿和肛瘘都是属于感染化脓性的疾病，会导致肛门周围软组织发生坏死，进而会有脓液的形成。
在发生肛门脓液流出以后，还是要及早地到正规医疗机构的肛肠科进行就诊。一般通过肛门指诊、肛门镜的检查就可以初步明确诊断，必要的时候可以进行电子纤维结肠镜的检查，在直视下观察肠道内的黏膜组织，有没有充血、水肿、糜烂等病理性的改变，观察有没有肠息肉甚至是肠道肿瘤的存在。
肛门有脓液在诊断明确以后，主要就是通过手术治疗或者是通过药物进行对症的治疗。在平时也要注意多休息，调整好饮食结构，避免辛辣、刺激性的食物。