严重的肛瘘可引起肛门周围软组织反复的化脓感染，并且有极低的几率发生恶变。
肛瘘是肛周软组织的慢性化脓性炎症，通常继发于肛周脓肿之后，偶尔也可以由于肛门穿透性的外伤引起，是由于内溃口、外溃口及皮下瘘管组成的。若不及时治疗，肛瘘会反复引起肛门周围软组织的炎症，会导致肛门括约肌纤维化，影响肛门括约功能，反复的炎症刺激还有可能引起皮肤恶变。
肛瘘行理疗及抗感染等保守治疗仅能暂时缓解症状，手术是唯一可以根治的治疗措施。