目前肾结石的手术主要是输尿管软镜肾结石碎石术和经皮肾镜肾结石碎石取石术。输尿管软镜的碎石治疗，一般适用于结石大小局限在两点五厘米以内的肾结石。
利用输尿管软镜通过尿道、膀胱以及输尿管，最后进入肾脏，运用钬激光进行碎石，将肾结石粉末化。该术式手术创伤较小，术后恢复快，一般术后三到五天出院。
经皮肾镜碎石取石术是利用X线或者是B超定位穿刺进入肾脏，运用钬激光、超声吸引、气压弹道等碎石设备在肾脏内碎石，并将结石取出。相对手术风险高，难度大，术后一般七到九天出院。