一般旋毛虫病感染患者治疗及预后良好，大多可在1~2个月痊愈。但如果存在重症感染或者合并严重并发症情况，则预后不良，存在遗留后遗症可能。
旋毛虫病的严重并发症主要包括脑炎、心肌炎、肺炎等情况。如果合并严重肺炎，则在治疗结束后可遗留肺纤维化、慢性肺功能不全等后遗症。
如果合并心肌炎并发症，在治疗结束后可遗留心律不齐或慢性心功能不全等后遗症。如果合并脑炎，在治疗结束后可能会遗留神经系统损伤后遗症。