龟头流脓是否会有后遗症，一般与病因等有一定关系。
1.泌尿感染。比如：有尿道炎或者是包皮龟头炎、前列腺炎等，尤其是不注意卫生时，炎症容易加重，导致龟头出现流脓现象。通常需要根据原发疾病进行治疗，比如可遵医嘱用药抗炎治疗。同时要注意个人卫生，确保局部清洁干净，一般不会留下后遗症。
2.淋病。疾病主要是由于淋病双球菌感染而造成的，往往会使局部出现急性炎症，有脓性分泌物流出。如果不及时治疗，可能会转变成慢性的，也可能引发菌血症，有致命风险。