卵巢囊肿对身体的影响，要根据卵巢囊肿的性质而定。
如果是卵巢的生理性囊肿，也就是在排卵之后形成的黄体囊肿，对女性的身体是没有不良影响的。有时会由于囊肿比较大而与病理性囊肿不好鉴别，需要进行密切的观察随访。
卵巢的病理性囊肿则可能会对身体有不良影响，常见的有卵巢的子宫内膜异位囊肿，是造成女性不孕症的常见的原因。并且还可能会引起女性出现进行性继发性的、严重的痛经现象，而且卵巢巧克力囊肿破裂还会导致严重的腹痛。有时由于囊内的液体造成盆、腹腔的粘连，从而引起女性输卵管粘连、梗阻，导致不孕的发生，而卵巢的炎性囊肿还可能会引起腹痛、发烧等炎症症状。