百日咳杆菌会引起百日咳，是小儿常见的一种呼吸道传染病，一般百日咳只要不发生并发症，一般都能自行痊愈，但是及早的使用抗生素，可以减轻症状，降低传染性。
百日咳杆菌对许多抗生素敏感，其中红霉素等大环内酯类药物的敏感性和疗效最佳，但疗效与用药的迟早有关，越早开始治疗效果最好，也可以使用氨苄青霉素、氯霉素、复方新诺明等来进行治疗。
一般抗生素治疗14天为一疗程，除了百日咳患儿以外，所有的家属以及密切接触者也应该用药，以防止感染和传播。