钬激光是目前用于泌尿系结石手术过程中碎石的重要工具，钬激光在碎石过程中，对于泌尿系统的损伤最主要是激光导致的热损伤。
在碎石的过程中，因为激光产热，局部的水流循环不佳，导致激光碎石的局部温度升高，可以对泌尿系统黏膜导致热损伤出现。
此外在内镜碎石过程中，因为角度不佳、结石硬度变化、激光能量和频率变化、手术者操作不熟练等原因，可能导致激光在碎石时打到黏膜，造成直接损伤，有时甚至可以出现穿孔，损伤其后面的组织器官。
一旦出现其它组织器官的损伤，必要时需要行开放手术治疗。