眼球运动障碍的患者，可以适当口服维生素B族、ATP等药物，给予眼部神经足够的营养支持，辅助缓解病症。
但是，大多数眼球运动障碍的疾病，仅仅通过口服性药物是很难完全治愈的。
在临床上，眼球运动障碍的治疗要结合具体的原发性病因，给予相应的消除病因治疗和对症治疗两类措施。例如，由于眼眶囊肿、颅脑肿瘤压迫引起的本病，应首先针对原发占位性病变给予有效的手术切除治疗，再根据患者症状，局部给予物理治疗、维生素药物等。