肛瘘有并发症，肛瘘的并发症主要有以下两个：
第一，肛门失禁，肛瘘患者如果不及时治疗，有可能会造成肛门周围广泛的感染，也有可能会使单纯性肛瘘变成复杂性肛瘘。反复的肛门周围感染以及感染范围的不断扩大，会导致肛门周围组织因为慢性的炎症刺激导致纤维增生、斑痕化，这样就会对肛门的括约功能造成影响，严重的会导致患者出现肛门失禁。
第二，由于肛瘘会出现反复的感染，反复的炎症刺激，有可能会导致局部组织出现变性，甚至恶变，而形成肛管直肠恶性肿瘤。