慢性肾衰竭可以引起全身各个系统都会出现异常，包括可以引起内分泌代谢的紊乱。比如肾脏作为一种内分泌的器官，一旦肾脏衰竭以后就可以导致活性维生素D以及促红细胞生成素分泌不足，引起患者出现贫血以及钙磷代谢紊乱。
可以引起甲状腺功能低下，也可以出现垂体功能紊乱，性激素分泌不足。所以，大多数的女性患者就容易出现月经不调、不孕、怕冷，男性患者容易出现性功能减退，有阳痿、性欲减退、精子数量减少、精子质量降低。
当然，也有部分患者表现有糖耐量异常，患者出现血糖紊乱。由于患的长期存在低钙血症和高磷血症，可以刺激甲状旁腺，导致继发性甲状旁腺功能亢进。