血红蛋白E病的发生，主要是由于珠蛋白基因发生点突变，β珠蛋白链上某种氨基酸被另一种氨基酸取代，使血红蛋白的性质和功能发生变化而引起的疾病。通常情况下，发生血红蛋白E病的时候，病人有可能会有轻度的溶血性贫血，也可以有肝脾轻度的肿大。
如果是进行实验室的检查，外周血中有可能会出现血红蛋白浓度轻度的降低，红细胞平均体积可以出现降低，红细胞平均血红蛋白量减低，红细胞平均血红蛋白浓度接近正常。
外周血涂片当中有可能会出现靶形红细胞增多，红细胞渗透脆性试验可以出现明显的减低。血红蛋白电泳、血红蛋白E可以高达90%以上。根据这些可以确诊血红蛋白E病。