新生儿心肌炎可以通过患儿的症状表现，以及辅助检查来进行判断。
新生儿心肌炎可表现为拒奶、呼吸困难、手足发凉、面色苍白、哭声无力等症状表现，但是通过新生儿的症状表现并不能够确诊为心肌炎，还需要结合血常规、心肌酶等实验室的检查。
如果出现心肌酶升高的现象，对于早期的心肌炎诊断有一定的意义。还可以结合心电图出现早搏、房室传导阻滞等改变，以及X光检查进行判断。必要时也可以进行心内膜心肌活检，这是确诊心肌炎的一个金标准。