颅底凹陷症和近视眼关系不大。颅底凹陷多是因为先天性的异常发育所形成的疾病，表现为以枕骨大孔为中心的颅底骨发育的异常，凸入颅内引起颅腔内体积的变小，此时多伴有神经发育的异常。
轻度的颅底凹陷可能神经功能异常不明显，只能在检查的时候发现。颅底凹陷明显就可能出现颅内压力增高、小脑以及延髓的受压的症状。同时会伴有后组颅神经受牵拉损伤，以及椎动脉受压缺血引起的相关的症状。颅底凹陷症伴有症状者需早期行手术治疗。
而近视眼多是因为遗传因素、长期用眼疲劳及眼部外伤等因素引起。因此，颅底凹陷症不会引起近视眼。