肛管损伤主要通过药物进行修复，或者通过手术的方式进行修复。
肛管损伤如果是由于大便干燥，排便过度用力引起，形成肛管裂口可以先进行药物对症治疗。首先可以使用稀释的高锰酸钾溶液，或者复方荆芥熏洗剂等中药成分的制剂，进行肛门局部泡洗，清除存留的分泌物保持局部清洁。同时，配合硝酸甘油软膏、复方角菜酸酯乳膏等药物进行涂抹，促进损伤位置的修复。
如果肛管损伤是由于外伤等因素引起，伤口比较大，并且有活跃性出血，一般需要进行手术探查清创。然后在术后规范换药，促进伤口修复。