对于有生殖器疱疹病毒感染的女性，通常是可以注射二价的HPV疫苗。只是建议在发病的急性期，不要马上接种HPV疫苗，而是等到生殖器疱疹病毒自然的清除以后，再注射二价的HPV疫苗。
因为在生殖器疱疹病毒感染的急性期，注射HPV疫苗以后害怕产生一些严重的副反应表现，所以在疱疹病毒感染的急性期需要暂时停止接种，大多要在疱疹病毒感染后7-10天左右，才可以进行常规的疫苗接种。
无论是接种二价的HPV疫苗，还是接种其他类型的疫苗，通常在疱疹病毒感染期都要暂时停止接种。