舌咽神经痛的并发症有喉痉挛、心律失常、低血压性晕厥。目前对于引发舌咽神经痛的病因还不明确，通常认为与神经脱髓鞘变、恶性肿瘤以及颅内舌咽神经受损等有关。
舌咽神经痛不但会导致舌咽神经分布区域发生剧烈疼痛，而且还会导致口水增多、消瘦、脱水等症状。如果不进行及时的治疗，患者还会因剧烈疼痛导致喉部痉挛的发生。
另外，剧烈疼痛还会使患者体内激素水平发生紊乱、心排血量减少、血管发生扩张，导致心律失常以及低血压性晕厥的发生。