眼结石的药物治疗一般采用人工泪液，如玻璃酸钠滴眼液或者保护眼角膜的其他药物。
结石形成与眼表的炎症有关时，需要使用一些抗生素滴眼液治疗原发病，控制炎症。但是眼结石的药物治疗，对不同患者有不同的疗效，由于个体差异的原因，部分患者的效果可能不太明显。
眼结石的治疗主要通过手术治疗，取结石的手术比较简单，一般在眼科门诊就能进行。由专业的医生在裂隙灯下翻开患者的眼睑，使用注射针头将结石挑出，然后涂抹一些抗生素眼膏，预防眼结膜的感染即可。