流产和巧克力囊肿有一定关系。巧克力囊肿是因为子宫内膜异位，覆盖在卵巢表面形成的囊肿。引起子宫内膜异位症的因素有经期过性生活，或者做人工流产手术等。
所以，女性在做人工流产手术的时候，比较容易引起子宫内膜随着宫腔内血液一起发生倒流，通过输卵管达到卵巢，卵巢部位的子宫内膜也会随着卵巢分泌的雌激素，和孕激素发生周期性变化，引起子宫脱落出血等症状，使卵巢部位的子宫内膜包裹着新旧血液一起形成肿块，被称为巧克力囊肿。
所以，流产和巧克力囊肿有一定关系。但是巧克力囊肿不一定都是流产引起，还可能通过其他因素引起。