大多数患者在出现肺部真菌感染的病情发作时，不需要进行手术治疗。
由于患者是真菌感染肺组织，而引起的病情变化，所以在临床上可以使用抗真菌的药物进行治疗。常用的药物包括制霉菌素、氟康唑、两性霉素B、伊曲康唑等，在患者及时使用这些药物治疗以后，一般可以使病情得到尽快的改善，治愈的可能性比较大。
但是，如果患者的病情比较严重，尤其出现药物保守治疗效果欠佳，肺功能完全丧失的情况下，可以考虑进行手术治疗，或者进行肺上移植治疗，来改善病情。