肛门指诊一次大概需要3分钟左右，与患者病情的严重程度和是否配合医生操作有关系。
在做肛门指检时患者可以采取侧卧位或者膝胸卧位，尽量把臀部露出来，然后医生带上无菌手套，涂抹润滑油把手指伸入肛门，触摸直肠内是否有息肉、痔疮、肿物等，了解肿物的大小、数量、活动度。然后退出指套，查看指套上是否染有血液，整个过程大概3分钟。
这是检查肛周疾病最基本的一种检查方法，检查后根据患者的病情，决定是否再进一步检查，如肠镜、肛周磁共振等。