喉黏液囊肿的治疗，可以通过穿刺抽液以及手术的治疗方式为主。
对于囊肿较小，没有引发较为严重的临床症状的情况，可以首先对囊肿的部位进行穿刺，将囊肿内的脓液抽出，同时进行相对应的抗炎治疗，通常就可以起到良好的疗效。但是此类方式治疗以后，部分患者有可能出现囊肿复发的情况。
因此，对于喉黏液囊肿复发或者是本身囊肿就较大的情况，可以选择在喉镜的支撑下，对喉囊肿进行整体性的切除治疗。如果手术过程中对囊肿切除得较为干净，后期复发的几率较小。