治疗小儿蛋白质能量营养不良是一个综合的治理过程，时间比较长。有以下几点治疗方法。积极处理各种危及生命的并发症，去除病因调整饮食，促进消化功能。
第一阶段，可以调整患儿机体的内环境，比如可以防止低血糖，防止低体温，纠正脱水酸中毒以及防止感染等。
第二阶段，可以纠正微量元素的缺乏，多种微量元素和矿物质的补充，也是对营养不良患儿很有必要的一个做法。在喂养时可以少量多餐。进食低渗性和低乳糖性食物，必要时可以口服或者鼻胃管鼻饲喂养。如果是母乳喂养的患儿鼓励话，母亲继续母乳喂养，保证各种微量元素的补充。
第三阶段追赶身高阶段。