手术是治疗气管食管瘘最好的方法。气管食管瘘是因为损伤、炎症或者肿瘤导致患者食管以及气管破裂。
食管和气管相联通，正常食管和气管分属两个系统，是分开的，如出现气管食管瘘，食管内的消化液以及食物残渣会进入气管，造成肺部反复炎症、感染，因此需要将两者隔开，可以行气管、食管内膜支架置入，但支架容易脱落，造成狭窄。
最好的治疗方案是手术治疗，将食管、气管分开，分别修补患者食管瘘口以及气管瘘口，二者分开后，气管食管瘘可完全治愈。