精子头部畸形原因如下：
1.生殖系统炎症疾病，比如附睾炎、睾丸炎、前列腺炎等，会导致精子的质量受到影响，也容易使精子头部出现畸形。通常还伴有其它临床症状，比如射精疼痛、尿频尿急、血精等，主要是使用抗生素类的药物进行治疗。
2.如果男性患有精索静脉曲张疾病，在严重时会导致睾丸局部的血液循环出现障碍，使睾丸的生精功能受损，就可引起精子头部畸形，主要是使用药物和手术方法进行治疗。
此外，男性长期吸烟喝酒、经常熬夜、长期接触放射性物质等因素，也可导致精子头部畸形。