治疗幽门螺杆菌病一般需要选择三联疗法，或者是含铋剂的四联疗法进行治疗。但是目前最常用的治疗方法为四联疗法，常用质子泵抑制剂、铋剂加两种抗生素。
在用药治疗期间要严格戒酒，还需要足疗程使用药物，停药后进行幽门螺杆菌复查，明确是否已经根除。
幽门螺杆菌感染以后，有可能会对胃及十二指肠黏膜造成损伤，增加患有胃部疾病，比如胃溃疡、十二指肠溃疡等。长时间地不进行治疗，可能会导致胃黏膜出血、黏膜穿孔，还有可能会增加患有癌变几率。