当脑干梗死的时候，主要对患者的疾病进行评估和评定，针对患者神经功能缺损进行系统的康复治疗。
首先，如果患者伴有明显的肢体运动和感觉功能障碍，主要运用神经促进技术，对患者的肢体功能进行恢复。主要治疗方式包括作业疗法、有氧训练、步态训练等，同时辅助针灸、推拿治疗、物理因子治疗。
其次，如果患者伴有言语和认知功能障碍的，需要在专业的康复治疗师的指导下，进行言语和认知功能训练。如果患者有吞咽功能障碍，需要通过低频刺激或者是冰刺激来改善吞咽。