巧克力囊肿对身体的影响还是很大的，巧克力囊肿也就是子宫内膜卵巢异位囊肿，是因为子宫内膜异位到卵巢上形成的，会导致明显的痛经症状。
还会引起不孕，会导致月经异常，有些会引起月经量增多、月经期延长或月经淋漓不尽，会影响卵巢的功能，导致卵巢病变，引起排卵障碍，还会导致黄体功能不足，有些还会引起明显的性交不适，会引起性交疼痛。
有些大的卵巢巧克力囊肿会出现囊肿破裂，会发生急腹痛，有些会导致盆腔的广泛粘连，所以对女性的生殖健康造成很大的影响，甚至有少数的卵巢巧克力囊肿，还会有恶变倾向。要预防卵巢巧克力囊肿，平时一定要注意经期的卫生保健，不要在经期同房，也不要在经期剧烈运动。