任何手术都有一定风险，脑积水手术也是具有一定风险。
在临床当中，脑积水最常见的手术是脑室腹腔引流术，手术后容易造成感染性的疾病， 如低颅压或高颅压疾病、术后伤口不愈、麻醉药过敏等。在临床当中，脑积水的手术使用微创手术，微创手术也有一定手术风险，首先应权衡利弊，进行评估。
目前微创手术的治疗已非常成熟，不会引起严重的并发症。 脑积水的患者，尤其是伴有明显颅高压症状的，到医院积极治疗，避免引起并发症。