在临床上附睾结核的临床表现常为慢性过程，大部分患者是自己发现阴囊内有硬结，坠胀，或疼痛，疲劳时加重而去医院就诊。若继发感染则出现局部的红，肿，疼痛。
或因其他疾病就诊体检时被医生发现，约20%的患者病变可累及睾丸，使睾丸肿胀与附睾无明显的界限，后期附睾干酪样病变，常于阴囊黏连，阴囊也逐渐的肿胀，部分形成寒性的脓肿，破溃后流出脓液，渐变稀薄，夹有豆渣样坏死组织，经常反复发作而形成窦道。若伴有射精疼痛和精液带血，应考虑为精囊结核。后期可有低热，盗汗，腰酸等症状。