如果表皮囊肿的面积比较大，一般需要进行处理，因为表皮囊肿几乎不会自行消失。
通常表皮囊肿首选治疗方法是通过手术。当表皮囊肿的囊壁存在，任何方式的挤压都无法将内容物清理干净，因为只要囊壁依然存在，产生的角蛋白又会重新堆积，从而产生新的内容物。所以，通过单纯挤压是能不解决问题的。
治疗表皮囊肿的最佳方式是通过手术治疗，通过一个小切口将囊壁完全取出来。但是如果手术中没有将囊壁完全切除干净，会有新的囊壁生长出来，表皮囊肿有可能会再次复发。