阴茎又痒又痛建议做尿常规检查。取龟头冠状沟的分泌物做涂片检查、细菌培养，可以判断是什么疾病存在。
如果阴茎又痒又痛，有尿频、尿急、尿痛，这种情况就是阴茎里边的尿道有问题，可能就是尿道炎。有细菌感染后就会出现尿道炎，做尿常规检查可以判断是白细胞有多少，做尿培养可以找到有什么致病菌，根据不同的致病菌选择不同的抗生素进行治疗。淋球菌感染，推荐使用头孢曲松钠。非淋感染，推荐使用罗红霉素。普通的细菌感染，推荐使用左氧氟沙星。
如果是龟头有炎症，也会有阴茎又痒又痛，这种情况可能是细菌感染，也可能是霉菌感染。清洗干净后，细菌感染，使用红霉素软膏。霉菌感染推荐使用克霉唑软膏。