习惯性流产在治疗前要先查明流产的原因。甲状腺功能异常、高泌乳素血症、多囊卵巢综合征这些内分泌疾病要治疗原发病。子宫畸形引起的流产，如果能矫正的，要矫正畸形。
有生殖道感染的，要控制感染。怀孕后预防性使用黄体酮和保胎药。
易栓症患者还要抗凝治疗，口服阿司匹林或者是皮下注射肝素。有免疫方面问题的，要做免疫治疗。所有药物都要用至孕12周以后，或者是如果超过了原来流产的周数也可以，这个时候才能停药。抗磷脂综合征引起的流产，甚至要用药至分娩前24小时才能停药。