直肠内套叠的确诊方法，主要就是通过排粪造影的检查。通过排便的动态造影，可以直接观察到黏膜脱垂呈漏斗状，还有一部分患者会出现骶骨直肠分离的情况。
1.可以辅助其他相关的检查，比如进行钡剂的灌肠造影。
2.可以进行乙状结肠镜的检查，以及肛门镜的检查。在直视下进行观察，同时也可以叮嘱患者下蹲做排便的动作。一些距离肛缘较近的内套叠，可以脱出到肛门外，可以在直视下观察到脱出的直肠黏膜组织。
3.可以进行肛管直肠测压的检查，对于直肠内套叠的诊断，都具有良好的帮助作用。