新型肺炎目前暂无特效的药物治疗，抗病毒的治疗，目前也无确认有效的抗病毒药物，但临床上常试用α-干扰素的雾化吸入，口服洛匹那韦、利托那韦的抗病毒药物治疗，还可以使用利巴韦林静脉滴注的处理。
当其合并细菌感染时，多需要选择敏感的抗菌药物治疗，例如莫西沙星注射液或某些头孢菌素类药物。对于危重症的患者，特别是伴有急性呼吸窘迫综合征以及呼吸衰竭时，可以试用适量的糖皮质激素，例如甲强龙注射液的处理。
目前临床上已经使用瑞德西韦的临床试验，希望此药能对新型冠状病毒有效。虽然目前暂无特效药物，但临床上通过上述的综合给药，配合支持对症处理，部分患者还是可以治愈的。