感冒灵颗粒虽属中药制剂，但也含有一些西药的成分，如对乙酰氨基酚、咖啡因、扑尔敏等。所以，部分患者服用药物后可出现一些用药后的副作用，如困倦、乏力、嗜睡等。还有部分患者可偶见药物疹、荨麻疹、皮疹、药物热以及粒细胞减少现象。
作为非处方类的用药，如果患者自行用药不当，比如长期大量用药会有引起肝肾功能异常的副作用，特别是有严重的肾功能不全的患者，需要禁用本药物。
此外，因其中含有这些西药成分，在服用本药物期间需要严格禁酒，否则会引起一些严重的不良反应。