线粒体脑肌病发病原因从目前来看，认为本病是因遗传基因的缺陷，患者线粒体上有着各种不同的功能异常，并由此导致临床表现多样性。
已知在线粒体不同结构部位，含有不同的酶系统。如外膜含有细胞色素C还原酶、脂肪酸辅酶A连接酶、及单胺氧化酶，外膜中含腺苷酸激酶和核苷二磷酸激酶，内膜含氧化磷酸化系统的酶类和呼吸链，由电子传递系统，氧化磷酸化要有电子传递。
具体饮食建议需要根据症状咨询医生，合理膳食，保证营养全面而均衡，饮食宜清淡、多吃蔬菜，戒除烟酒，忌食辛辣、刺激性食物。