脑干梗塞位置不同，后遗症也不一样，主要的后遗症包括语言障碍、运动障碍、偏瘫、走路不稳等。
脑干是属于大脑中枢部位，能够控制人体的血压、脉搏、呼吸、四肢运动等。如果脑干死亡，也预示着人体死亡，因此，脑干梗塞是比较严重的。
脑干梗塞后应当及时的进行治疗，维持呼吸、脉搏、心跳等生命体征，并且防止并发症。在脑干梗塞后的6小时内，可积极的进行溶栓治疗，如果错过了溶栓的时间，应当进行抗血小板聚集以及抗凝治疗，严重时可考虑开颅手术治疗。