自1966年起就开始应用抗病毒药物，对流感进行治疗。常用药物有金刚烷胺和金刚乙胺，金刚烷胺和金刚乙胺对流感的体内外抗病毒活性主要限于甲新流感病毒。
但由于药物的副作用，缺少理想的治疗效果，并且有诱发产生耐药病毒株的倾向，这些药物的临床应用价值有限，其他抗病毒药物还有盐酸阿比多尔，盐酸阿比多为血凝素抑制剂。
当前新一代治疗流感的抗病毒药物，即神经氨酸酶抑制剂已开始在临床应用。目前有两个品种已经运用于临床即：奥司他韦和扎那米韦，神经氨酸酶抑制剂是一种新型的抗流感病毒药物，具有选择性抑制a型和b型流感病毒的作用。由于神经氨酸酶抑制剂优于其他抗流感病毒药物，因此具有良好的临床应用前景。