藿香正气水有的患者服用后可出现一些副作用，虽然其说明书中标明不良反应尚不明确，但是在临床应用中发现的副作用，主要为消化道以及呼吸系统的不良反应。
也有的患者可出现心血管系统方面的不良症状，比如胸闷、心跳加速、紫绀、心动过速、心悸等。还有的患者如果对酒精过敏，因为药物中含有的乙醇成分，服用药物后可出现药疹、皮肤瘙痒、过敏性紫癜等副作用，因此有酒精过敏史患者不能服用本品。
另外，患者服用藿香正气水后，如果出现以上这些不良反应，应及时停药，并尽快就医咨询医生为宜。