对于结肠黑变病，目前没有特效的药物治疗。通常情况下停用泻药后可自行消退，预后良好。大多数学者认为，结肠黑变病是一种良性、可逆性的非炎症性肠道粘膜病变，随着便秘症状的改善和泻药的停用，大量脂褐素经溶酶体消化分解，结肠黑变病的色素沉着可以减轻甚至消失。因此，在平时生活中建议多吃蔬菜、水果及纤维丰富的饮食，以及多喝水、多锻炼，以减少便秘或排便困难，养成良好的排便习惯，停用或者不用含有色素的泻药而改用油性缓泻剂。
必要时使用胃肠动力药和微生态制剂等药物治疗缓解便秘，可以减少结肠黑变病的发展及逆转已经产生的病变。对于已经确诊为结肠黑变病的患者，需要定期常见随访。结肠黑变病是不需要进行手术治疗的。如果结肠黑变病伴发了结肠息肉、腺瘤及结肠癌，那么是需要早期内镜下进行高频电切或者手术切除的。