皮肤表面长扁平疣后，可以根据疣体大小不同，采用外用药物治疗，物理治疗和手术治疗等多种方式进行去除。
外用药物治疗，主要是使用一些具有腐蚀性的药物，以及具有抗病毒的药物，例如三氯醋酸溶液、干扰素凝胶等。
激光治疗用于对于去除面部皮肤的扁平疣，效果相对比较明显。但是一定要注意做好术后的皮肤护理，以免出现色素沉着或者瘢痕的不良反应。
对于面积较大的扁平疣，也可以直接采取手术的方法进行去除。