左侧卵巢囊肿3cm，建议可以用下列方法进行治疗：
1.保守治疗。定期B超检查，最好每半年检查一次，了解囊肿增长速度是否加快，然后再决定是否要手术进行治疗。
2.手术治疗。因为这种囊肿虽然相对比较小，但是如果是巧克力囊肿的情况下，可能会导致不孕不育，并且会出现经期下腹部疼痛，所以可以考虑做手术进行治疗。
3.建议在发现囊肿之后抽血检查，做妇科肿瘤标志物化验，如果出现异常，必要的时候可以考虑做增强CT检查，以便了解是否有恶性的可能。一旦出现恶性病变，尽快手术治疗。