真菌性角膜炎一般是需要进行住院治疗的。
真菌性角膜炎属于病情较重的角膜感染性炎症，其病情变化多、发展较快，仅在门诊接受有限的药物治疗并不能够完全抵御所有的病情变化，若控制不及时，会造成严重的并发症。一般都建议真菌性角膜炎患者住院接受综合性的检查和治疗。
尤其在治疗的初期，需要对角膜进行刮片或染色等检验来判断具体的真菌感染类型，并通过药敏试验来寻找敏感的抗真菌性药物，结合具体病情给予相应的眼药水或全身性药物治疗。