小便龟头部位刺痛的原因要考虑患有尿道炎，尿液刺激引起的刺痛。刺痛不适也跟龟头感染性疾病有关，容易发生在包茎或者是包皮过长的个体，积聚包皮垢滋生病菌，炎性水肿的龟头受到尿液的刺激引起刺痛不适感。
对龟头摩擦损伤较大的手淫性行为后，或者是实质性行为动作粗暴导致龟头损伤，也可引发小便时龟头刺痛感。由于排出的尿液对损伤的龟头刺激引起的疼痛感，可结合龟头外观形状的检查，收集尿液化验，明确感染因素导致的龟头刺痛，及时给予头孢克肟、甲硝唑等药物抗炎治疗。