当确诊为肠结核时，建议尽早地接受抗结核的化学药物治疗。要遵循早期、联合、适量、规律、全程的治疗原则。
主要治疗药物为异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。患者在治疗期间一定要按疗程服药，接受系统规范的治疗。
肠结核出现并发症时就要进行手术治疗，比如并发肠梗阻、肠穿孔等，并且术前、术后均需进行抗结核药物的治疗。结核属于消耗性的疾病，切忌中断治疗。患者要注意增加营养，避免过度劳累，注意自我防护，避免传染给他人。