治疗脑血栓有可能有后遗症。脑血栓是临床当中最常见的疾病之一，本病具有较高的发病率、致残率，是否会遗留有后遗症，和发病的部位、病灶的大小、采取的治疗方式等因素相关。
如果患者发病后，病灶位于静止的区域或非功能区域，将来遗留有后遗症的可能性较小。如果患者发病后病灶较小，例如腔隙性脑梗死，遗留有后遗症的程度较轻。
如果发病后梗死的面积较大或位于功能区域，遗留有后遗症的几率就较大，例如脑干梗死、大面积的脑栓塞等。